乙肝小三阳胃疼的原因有很多种，如肝功能异常、药物的副作用等，患者需要及时查明病因，对症治疗。
专家表示：胃疼是乙肝小三阳常见症状之一，胃粘膜上皮细胞内存在乙肝病毒，而乙肝抗原与抗体免疫复合物会在细胞中沉积引发炎症，进而就会削弱和破坏胃黏膜的屏障保护作用，胃粘膜损伤，就会引起胃疼，引起胃疼的很大原因就是有可能是肝病引起的，而乙肝小三阳患者胃粘膜损伤的主要原因在于乙肝病毒以及乙肝治疗药物的副作用造成的。
乙肝小三阳患者体内存在乙肝病毒，乙肝病毒会侵蚀肝脏，引起肝功能异常，免疫功能紊乱，从而肝脏对激素的灭活功能减退，减弱对胃黏膜的修复能力，进而引起胃黏膜损害，导致胃疼。
同时乙肝病毒存在于胃黏膜的上皮细胞内，而乙肝病毒沉积会引起炎症反应，进而削弱或破坏胃黏膜的屏障保护作用，也会引起胃疼。再者就是乙肝治疗药物的副作用。乙肝治疗的疗程长，很多患者都是长期吃药，或服用药物过多，忽视药物间的相互作用，对胃黏膜产生刺激，造成胃疼，所以需要乙肝患者规范用药，在医生指导下用药，不要滥用保肝药等。
专家提醒：乙肝小三阳患者出现胃痛时，要引起重视。因为这提示患者肝脏受损严重，建议乙肝小三阳患者要及时到正规医院就诊，做肝功能检查，HBV-DNA检测及B超检查等，还要结合胃镜检查，综合性的分析判断病情。